ภายหลังจากที่สงครามเกาหลีปะทุขึ้นในวันที่ 25 มิถุนายน พ.ศ. 2493 ชาวเกาหลีใต้ที่อาศัยอยู่ เส้นขนานที่ 38 รู้สึกถึงจำนวนผู้บุกรุกจากทางฝั่งเกาหลีเหนืออย่างมากมายภายในเวลาไม่กี่ชั่วโมง โดยวันที่ 26 มิถุนายน กองทัพเกาหลีเหนือก็กำลังจะเข้ายึดโซล อีเกรงกลัวความโกลาหลครั้งใหญ่ในโซล ได้ห้ามทหารห้ามเปิดเผยถึงสถานการณ์ และไม่หลบหนีพร้อมกับบุคคลส่วนใหญ่ในรัฐบาลในวันที่ 27 มิถุนายน ตอนเที่ยงคืนของวันที่ 28 มิถุนายนทหารของเกาหลีใต้ได้ทำลายสะพานข้ามแม่น้ำฮัน ด้วยวิธีที่จะขัดขวางผู้คนจำนวนนับพันที่จะหลบหนี และวันที่ 28 มิถุนายน ทหารเกาหลีเหนือก็ยึดโซลได้ทั้งหมด

ระหว่างที่เกาหลีเหนือยึดโซล อีได้ตั้งรัฐบาลขึ้นมาใหม่ที่ปูซานและได้สร้างแนวรับแถวรอบบริเวณแม่น้ำนักดง เป็นการสู้รบที่มีความสำคัญกับความอยู่รอดของเกาหลีใต้ และเป็นที่รู้จักกันดีในชื่อ ยุทธการแม่น้ำนักดง

ภายหลังจากยึดโซลคืนได้ในเดือนตุลาคม อีได้ฟื้นฟูตำแหน่งผู้นำของเขาอีกครั้ง ความสัมพันธ์กับสหรัฐอเมริกากลายเป็นตึงเครียดเมื่อเขาปฏิเสธที่จะยืนยันจำนวนข้อเสนอในการหยุดยิง ซึ่งอาจจะทำให้ยุติสงครามเกาหลี โดยอีต้องกลายเป็นผู้นำในการรวมชาติเกาหลี ดังนั้นเขาจึงคัดค้านข้อเสนอในการหยุดยิงทั้งหมด แต่ความหวังของอีก็ถูกพังทลายลงโดย คิม อิลซอง อีต้องการใช้วิธีที่แข็งกร้าวในการต่อต้านรัฐบาลของเหมา เจ๋อตง ซึ่งสร้างความรำคาญอย่างยิ่งต่อสหรัฐฯ เพราะอเมริกาต่อต้านการใช้อาวุธนิวเคลียร์ถล่มจีน

การเลือกตั้งใหม่

เพราะความไม่พอใจที่ขยายวงกว้างออกไปเพราะการคอรัปชันและการปราบปรามทางการเมืองในรัฐบาลของอี ไม่น่าเชื่อว่าว่าอีจะได้รับการเลือกตั้งกลับขึ้นมาอีกครั้งโดยสภาแห่งชาติ ในสถานการณ์นี้ อีพยายามที่จะแก้ไขรัฐธรรมนูญโดยให้เขาได้รับการเลือกตั้งโดยตรงจากประชาชน เมื่อสภาแห่งชาติปฏิเสธการแก้ไข อีก็ได้มีคำสั่งให้จับกุมนักการเมืองฝ่ายค้านอย่างมากมาย และหลังจากนั้นการแก้ไขรัฐธรรมนูญของอีก็ทำได้อย่างสำเร็จสมความปรารถนา ในเดือนกรกฎาคม พ.ศ. 2495 ในการเลือกตั้งครั้งนี้ อีได้คะแนนเสียงไปถึง 74%[12]

ลาออกจากตำแหน่งและลี้ภัย

อีชนะการเลือกตั้งอย่างง่ายดายและเข้ามาดำรงตำแหน่งประธานาธิบดีช่วงสุดท้ายในปี พ.ศ. 2499 ตามรัฐธรรมนูญฉบับปี 2491 จำกัดให้เป็นประธานาธิบดีได้ 3 สมัยเท่านั้น อย่างไรก็ตามไม่นานหลังจากเขาทำพิธีสาบานตนเข้ารับตำแหน่ง เขาได้ทำการแก้ไขรัฐธรรมนูญโดยให้เขาสามารถดำรงตำแหน่งประธานาธิบดีได้อย่างไม่จำกัดสมัย

ในปี พ.ศ. 2503 อีชนะการเลือกตั้งประธานาธิบดีด้วยคะแนน 90% ชัยชนะของเขาเป็นที่แน่นอนเมื่อ โช บยองอ๊ก คู่แข่งคนสำคัญได้เสียชีวิตไม่นานก่อนวันเลือกตั้ง 15 มีนาคม

อีต้องการคนที่จะมาอุปถัมป์เขา เขาให้อี กิบอง ลงสมัครรับเลือกตั้งตำแหน่งรองประธานาธิบดี ซึ่งเป็นหน่วยงานเอกเทศภายใต้กฎหมายของเกาหลีใต้ในขณะนั้น เมื่ออี กิบอง ชนะคะแนนชาง มยอง (เอกอัครราชทูตเกาหลีใต้ประจำสหรัฐอเมริกาช่วงสงครามเกาหลี) ไปได้อย่างขาดลอย โดยฝ่ายค้านอ้างว่าการเลือกตั้งนี้ไม่มีความโปร่งใส สิ่งนี้ทำให้เกิดความโกรธแค้นของประชาชนชาวเกาหลีอย่างมาก เมื่อตำรวจยิงผู้ประท้วงที่มาซาน นักเรียนนักศึกษาเป็นผู้นำการปฏิวัติเดือนเมษายน บังคับให้อี ซึง-มันลาออกในวันที่ 26 เมษายน ยิ่งไปกว่านั้นในขณะที่ยังได้รับความสนใจจากผู้ประท้วง โดยอีถูกกล่าวหาโดย คิม ยองคับ รัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงการคลังว่า อียักยอกเงินเป็นจำนวนมากกว่า 20 ล้านดอลลาร์สหรัฐจากงบประมาณของรัฐบาล

ในวันที่ 28 เมษายน เครื่องบิน ดักลัส ดีซี-4 ซึ่งเป็นของหน่วยสืบราชการลับกลางแห่งสหรัฐอเมริกา (ซีไอเอ) และได้ปฏิบัติการโดยการบินพลเรือนเพื่อพาอีออกจากเกาหลีใต้ ในขณะที่ผู้ประท้วงล้อมรอบทำเนียบประธานาธิบดี[13] โดยอดีตประธานาธิบดีและฟรันซิสกา ดอเนอร์ (ภรรยาของอี) และบุตรบุญธรรมของเขาได้ลี้ภัยไปยัง โฮโนลูลู รัฐฮาวาย

ถึงแก่อสัญกรรม

อีเสียถึงแก่อสัญกรรมด้วยโรคหลอดเลือดสมอง เมื่อวันที่ 19 กรกฎาคม พ.ศ. 2508 ในสัปดาห์ถัดมาร่างของลีก็ได้กลับมายังเกาหลีใต้และฝังไว้ที่สุสานแห่งชาติกรุงโซล